Enterobacter cowanii - Enterobacter cowanii

Enterobacter cowanii
Научная классификация
Королевство:
Бактерии
Тип:
Протеобактерии
Учебный класс:
Гамма-протеобактерии
Заказ:
Enterobacterales
Семья:
Энтеробактерии
Род:
Энтеробактер
Биномиальное имя
Enterobacter cowanii

Enterobacter cowanii это Грамотрицательный, подвижный, факультативно-анаэробный, стержневидный бактерия рода Энтеробактер. Этот вид обычно ассоциируется с естественной средой и встречается в почве, воде и сточных водах.[1] E. cowanii связано с патогенами растений, которые проявляют симптомы тяжелой дефолиации и гибели растений.[2] Этот вид, первоначально называвшийся NIH Group 42, был впервые предложен в 2000 году как потенциальный член семейства. Энтеробактерии.[3] Название этого вида дано в честь английского бактериолога С. Т. Коуэна за его значительный вклад в области бактериальной систематики.[3]

Фенотипическая характеристика

Enterobacter cowanii фенотипически определяется как грамотрицательная, подвижная и факультативная анаэробная бактерия. Морфология этой бактерии описывается как имеющая кремовый цвет при культивировании на неселективной среде YDC (дрожжевой экстракт-декстроза-CaCO3).[2] При тестировании на производство ферментов, E. cowanii положительный на аспарагин и каталазу, а также отрицательный на уреазу и оксидазу.[2] При первоначальном представлении как NIH Group 42 семьдесят традиционных фенотипических характеристик были определены и перечислены Kohaku et al.[3]

Генотипическая характеристика

Разнообразие штаммов, присутствующих в Enterobacter cowanii видов были подтверждены путем анализа содержания G + C ДНК и результатов гибридизации ДНК-ДНК, которая включает гибридизацию (отжиг) предполагаемых штаммов с E. cowanii LMG 23569T.[1] Сходство ДНК 70% или больше указывает на то, что представляющие интерес штаммы принадлежат к одному виду.[4] При тестировании на сходство ДНК-ДНК сравнивая rpoB ген E. cowaniiштаммы BCC 009, BCC 011, BCC 078 показали сходство ДНК от 76% до 92%.[1]

N.B. Используя подход мультилокусного анализа последовательностей (MLSA), основанный на частичном секвенировании генов, кодирующих белок (gyrB, rpoB, infB и atpD), этот вид был переклассифицирован в род Kosakonia, так что его имя более правильно давать как Kosakonia cowanii. [5]

Микробиология

Изоляты Enterobacter cowanii были извлечены из ткани листа Эвкалипт деревья.[1] Для определения общего родства изолированных штаммов использовали секвенирование гена 16S рРНК.[1] Ген 16S рРНК обычно используется для секвенирования и установления родства изолятов, поскольку он высококонсервативен. Филогенетически родственные штаммы E. cowanii, определяемые секвенированием гена 16S рРНК и секвенированием гена rpoB, включают BCC 078, BCC 074, BCC 008, BCC 011 и BCC 009.[1]

Разнообразие

При сравнении ДНК репрезентативного штамма группы 42 NIH и ДНК 35 других видов Энтеробактерии с помощью гибридизации ДНК-ДНК было обнаружено, что степень реассоциации колеблется от 5–38% при 70 ° C.[3] Из-за его уникальных фенотипических характеристик и отличного от других видов Энтеробактерии путем гибридизации ДНК имеется достаточно доказательств, что E. cowanii отдельный вид в семействе Enterobacteriaceae.[3]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж Brady, C.L .; Вентер, С.Н .; Cleenwerck, I .; Engelbeen, K .; de Vos, P .; Wingfield, M.J .; Telechea, N .; Коутиньо, Т.А. (2009). "Изоляция Enterobacter cowanii из эвкалипта с симптомами бактериального ожога и отмирания в Уругвае ". Письма по прикладной микробиологии. 49 (4): 461–465. Дои:10.1111 / j.1472-765X.2009.02692.x. PMID  19674289.
  2. ^ а б c Furtado, G.Q .; Guimarães, L.M.S .; Лисбоа, округ Колумбия; Cavalcante, G.P .; Arriel, D.A.A .; Alfenas, A.C .; Оливейра, Дж. Р. (2012). "Первый отчет Enterobacter cowanii Вызывает бактериальное пятно на Mabea fistulifera, родном лесном виде в Бразилии ». Болезнь растений. V (10): 96. Дои:10.1094 / PDIS-02-12-0160-PDN.
  3. ^ а б c d е Иноуэ, Кохаку; Sugiyama, K .; Kosako, Y .; Sakazaki, R .; Ямаи, С. (2000). "Enterobacter cowanii sp. nov., Новый вид семейства Enterobacteriaceae ". 2000". Современная микробиология. 41 (6): 417–420. Дои:10.1007 / s002840010160. PMID  11080391.
  4. ^ Горис, Дж .; Konstantinidis, K.T .; Klappenbach, J.A .; Coenye, T .; Vandamme, P .; Тидже, Дж. М. (2007). «Значения гибридизации ДНК-ДНК и их связь с сходством полногеномных последовательностей. 2007». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 57 (Pt 1): 81–91. Дои:10.1099 / ijs.0.64483-0. PMID  17220447.
  5. ^ Brady, JC .; Cleenwerck, I .; Вентер, С .; Coutinho, T .; Де Вос, П. (2013). «Таксономическая оценка рода Энтеробактер на основе анализа мультилокусных последовательностей (MLSA): предложение о реклассификации E. nimipressuralis и E. amnigenus в Леллиоттия ген. ноя в качестве Lelliottia nimipressuralis гребень. ноя и Lelliottia amnigena гребень. nov. соответственно, E. gergoviae и E. pyrinus в Плюралибактер ген. ноя в качестве Pluralibacter gergoviae гребень. ноя и Pluralibacter pyrinus гребень. nov. соответственно, E. cowanii, E. radicincitans, E. oryzae и E. arachidis в Kosakonia ген. ноя в качестве Kosakonia cowanii гребень. ноя., Kosakonia radicincitans гребень. ноя., Kosakonia oryzae гребень. ноя и Kosakonia arachidis гребень. nov., соответственно, и E. turicensis, E. helveticus и E. pulveris в Cronobacter в качестве Cronobacter zurichensis ном. ноя., Cronobacter helveticus гребень. ноя и Cronobacter pulveris гребень. nov. соответственно и исправлено описание родов Энтеробактер и Cronobacter. 2013". Систематическая и прикладная микробиология. 36 (Pt 5): 309–319. Дои:10.1016 / j.syapm.2013.03.005. PMID  23632228.