FHAD1 - FHAD1

Связанный с вилкой домен, содержащий белок 1 (FHAD1) это белок закодирован FHAD1 ген.

Как следует из названия, у него домен, связанный с вилкой и обширный спиральная катушка структура. Предполагается, что функция, связанная с Транскрипция ДНК. Он локализован на ядро и имеет сигнал ядерной локализации.

Ген

Локус и размер

В люди, ген FHAD1 расположен на хромосома 1 (1p36.21), а геномная последовательность находится на положительной цепи, начиная с 15236559 п.н. и заканчивая 15400283 п.н.[1] Вокруг FHAD1 есть 3 основных гена, 2 из которых кодируют белки с известными функциями. Два гена, EFHD2 и Химотрипсин-C (CTRC) лежат ниже FHAD1 на плюсовой нити.[1] TMEM51 лежит перед FHAD1.[1]

FHAD1 имеет длину 163 682 основания и содержит 43 экзоны.

Общие псевдонимы

FHAD1 имеет 4 псевдонимы, Связанный с вилкой фосфопептид связывающий домен 1, связанный с вилкой (FHA) фосфопептид-связывающий домен 1, белок 1, содержащий домен FHA, и KIAA1937.[2]

мРНК

В мРНК транскрипт FHAD1 длиной 5138 п.н. Ген имеет 30 изоформы на основе данных гена NCBI.

Протеин

FHAD1 domains.png

Белок FHAD 1 имеет длину 1412 аминокислот, вес 16,2 кДа и изоэлектрическая точка 6.52.[3] Он имеет 3 изоформы, а именно 1, 3 и 4, но только изоформа 1 подтверждается экспериментальными данными. Состоит из 1 глютаминовая кислота богатый регион и 1 пролин богатый регион.

Домены и мотивы

Связанный со лбом домен

Домен FHA простирается от 18 до 84 аминокислот в белке. Он может распознать и привязать фосфорилирование сайты, в частности pSer, pThr и pTyr. Точный механизм и функция этого домена все еще изучаются, но он обнаружен в белках, выполняющих множество различных функций, в основном Ремонт ДНК и трансдукция.[4]

Структура домена, связанного с вилкой

Smc регион

FHAD1 содержит один Smc (Структурное содержание хромосом) область от 275 до 1401 а.о. Эта область кодирует белки Smc, которые участвуют в контроле клеточного цикла, делении клеток и разделении хромосом.[5]

TMPIT-подобный белок, pfam07851

Эта область простирается от 394 до 494 а.о. в FHAD1. Предполагается, что белки, кодируемые белками TMPIT, будут трансмембранные белки.[6] Однако литературы, подтверждающей это, не хватает.

DUF342

Этот домен простирается от 694 до 777 а.о. в FHAD1. Он кодирует белок из семейства бактериальный белки с неизвестной функцией.[7]

Прогнозируемая структура FHAD1 с использованием программного обеспечения RaptorX

Структура

FHAD1 содержит домен, связанный с вилкой, который состоит из бета-листы. На основе программного обеспечения для предсказания структуры остальная часть белка состоит из альфа спирали и случайные катушки. В целом FHAD1 имеет структуру спиральной катушки, как показано на рисунке.

Посттрансляционные модификации

Предполагается, что FHAD1 подвергнется множеству различных типов посттрансляционных модификаций на основе программного обеспечения для прогнозирования.

  • Гликозилирование: На FHAD1 существует 101 возможный сайт гликозилирования и состоит в основном из аминокислот, участвующих в О-связанная гликозилирование.
  • Фосфорилирование: было предсказано, что белок имеет большое количество сайтов фосфорилирования, по крайней мере, более 100.
  • Гликирование: Множественные остатки лизина FHAD1 были предсказаны для гликирования их аминогрупп ε.
  • СУМОилирование: 4 консенсусные последовательности SUMOylation и 3 сайта взаимодействия были предсказаны на FHAD1.
  • O-GlcNAc сайты: 6 сайтов для гликозилирования O-GlcNAc были предсказаны на FHAD1. Исследования показали, что этот специфический тип гликозилирования наиболее распространен в нуклеоцитоплазматических белках.[8]

Субклеточная локализация

Профиль экспрессии FHAD1 из Human Protein Atlas

FHAD1 был предсказан как ядерный белок с надежностью 94,1%. Он также содержит возможные сигнальные последовательности ядерной локализации между 1100 - 1107 а.о. Были предсказаны две последовательности pat4 и одна pat7. Pat4 и pat7 - это согласованные последовательности, состоящие из кластеров лизин или же аргинин остатки.

Выражение

У человека FHAD1 экспрессируется в яичко, фаллопиевых труб и матка ткани в самки, носоглотка и бронхи из легкие на основе исследований, содержащихся в Атласе белков человека.[9] Профиль EST NCBI также показал, что FHAD1 сильно экспрессируется в семенниках, с некоторой экспрессией в семенниках. трахея и пищевод. В мышей, ген также экспрессировался в семенниках вместе с гипофиз, легкое и мозг.

Регулирование выражения

FHAD1 имеет промотор, который простирается от 15246234 до 15247380 п.н. и имеет длину 1147 п.н. Он включает в себя начальную часть 5 'UTR из FHAD1. Некоторые факторы транскрипции, предположительно связывающиеся с этим промотором:

  • MAX-связывающий белок - этот белок, вероятно, является транскрипционным репрессор от Электронная коробка семейство связывающих факторов[10]
  • TR4 / TR2 - Эти белки являются частью семейства ядерные рецепторы и связываются с элементами DR1 (прямой повтор) промоторов. Они действуют как якоря для набора других корепрессоры[11]
    Петли для выноса 5 'UTR
  • Kaiso - Этот регулятор транскрипции кодируется ZBTB33 ген и участвует в ответе на Повреждение ДНК взаимодействуя с p53[12]
  • LYL1 -E12 - Этот транскрипционный фактор является димер двух белков, LYL1 и E12, где E12 представляет собой белок, связывающий E-бокс. LYL1 также участвует в некоторых лейкемии и это возможно онкогенный фактор.[13]
  • Нур 77 - Этот белок также известен как NGFIB (Фактор роста нервов IB) и принадлежит к семейству ядерных рецепторов. Он участвует в апоптоз и рост клеток пути.[14]
Петли для выноса 3 'UTR

В 5 'UTR и 3' UTR FHAD1 несколько стержневые петли прогнозируется формирование.

Функция

FHAD1 может участвовать в регуляции транскрипции посредством взаимодействия с другими регуляторами транскрипции.

Белковые взаимодействия

Было обнаружено, что FHAD1 является связывающим партнером для GTF2IRD1 (Повторяющийся домен GTF2I, содержащий белок 1) через дрожжи 2 гибрид экран.[15] GTF2I - это ген, кодирующий общий фактор транскрипции II-1. Это конкретное исследование показало, что GTF2IRD1 представляет собой ядерный белок, который участвует в регуляции транскрипции посредством модификации хроматина. Тот факт, что он существует в ядре и обнаружен в нейрональных клетках, коррелирует с локализацией и функциональными данными для FHAD1. Кроме того, FHAD1 и GTF2IRD1 взаимодействовали через RD2 (повторяющийся домен 2) GTF2IRD1. RD2 показал некоторый уровень ДНК-связывающей активности.

Было обнаружено, что FHAD1 взаимодействует (колокализация ) с 14-3-3 протеин-эпсилон посредством коседиментации. Этот белок связывается с рядом партнеров по связыванию, в основном за счет распознавания фосфотреонин или же фосфосерин мотивы.[16]

Клиническое значение

FHAD1 показал дифференциальную экспрессию у пациентов с диагнозом эндометриоз и ожирение.[17]

Гомология и эволюция

FHAD1 не знает паралоги. Она имеет ортологи у организмов следующих классов: Млекопитающие, Рептилии, Авес, Саркоптеригии, Актиноптеригии, Брюхоногие и Lingulata. У всех организмов, представленных в таблице ниже, наблюдалась значительная консервация домена FHA.

Скорость эволюции
Филогенетическое дерево для FHAD1

Скорость эволюции FHAD1 сравнивалась со скоростью фибриноген и цитохром с и он показал, что FHAD1 - быстро развивающийся ген.

Ортологи
Распространенное имяВремя расхождения (млн лет назад)Идентичность последовательности
Черная летучая мышь9678%
Козел9675%
Косатка9675%
Гигантская панда9675%
Морская выдра9672%
Морская свинка9071%
Большая круглая летучая мышь9671%
Европейский ёжик9667%
Монгольская песчанка9063%
Зеленая морская черепаха31243%
Китайская черепаха с мягким панцирем31240%
Императорский пингвин31239%
Американский аллигатор31238%
Коричневый мезит31238%
Голубь31236%
Латимерия Западной Индийского океана41333%
Атлантический лосось43529%
Красная пузатая пиранья43529%
Калифорнийский морской заяц / слизень79728%


Рекомендации

  1. ^ а б c «Связанный с FHAD1 вилкой фосфопептид связывающий домен 1 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-04-30.
  2. ^ База данных, генокарты Human Gene. «Ген FHAD1 - GeneCards | Белок FHAD1 | Антитело FHAD1». www.genecards.org. Получено 2018-04-30.
  3. ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2018-05-06.
  4. ^ Weng JH, Hsieh YC, Huang CC, Wei TY, Lim LH, Chen YH, Ho MR, Wang I, Huang KF, Chen CJ, Tsai MD (октябрь 2015 г.). «Раскрытие механизма олигомеризации TIFA, опосредованной доменом, опосредованной вилкой, который играет центральную роль в иммунных ответах». Биохимия. 54 (40): 6219–29. Дои:10.1021 / acs.biochem.5b00500. ISSN  0006-2960. PMID  26389808.
  5. ^ группа, NIH / NLM / NCBI / IEB / CDD. "NCBI CDD консервативный домен белка Smc". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  6. ^ группа, NIH / NLM / NCBI / IEB / CDD. "NCBI CDD консервативный домен белка TMPIT". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  7. ^ группа, NIH / NLM / NCBI / IEB / CDD. "NCBI CDD консервативный домен белка DUF342". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  8. ^ Харт, Джеральд У .; Акимото, Йошихиро (2009). Варки, Аджит; Каммингс, Ричард Д .; Эско, Джеффри Д.; Freeze, Hudson H .; Стэнли, Памела; Бертоцци, Кэролайн Р .; Харт, Джеральд У .; Etzler, Мэрилин Э. (ред.). Основы гликобиологии (2-е изд.). Колд-Спринг-Харбор (Нью-Йорк): Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. ISBN  9780879697709. PMID  20301273.
  9. ^ «Тканевая экспрессия FHAD1 - Резюме - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2018-05-05.
  10. ^ "Сетевой репрессор транскрипции MNT MAX [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-06.
  11. ^ Ши, Лихонг; Sierant, M.C .; Гурдзил, Катерина; Чжу, Фань; Цуй, Шуайин; Kolodziej, Katarzyna E .; Струбулис, Джон; Гуань, Юаньфан; Танабэ, Осаму (8 мая 2014 г.). «Смещенные, неэквивалентные ген-проксимальные и -дистальные связывающие мотивы орфанного ядерного рецептора TR4 в первичных эритроидных клетках человека». PLOS Genetics. 10 (5): e1004339. Дои:10.1371 / journal.pgen.1004339. ISSN  1553-7404. ЧВК  4014424. PMID  24811540.
  12. ^ Ко, Донг-Ин; Хан, Дохён; Рю, Хун; Чой, Вон-Иль; Чон, Бу-Нам; Ким, Мин-Кён; Ким, Ёнсу; Ким, Джин Ён; Парри, Ли (2014-10-21). «KAISO, критический регулятор p53-опосредованной транскрипции CDKN1A и апоптотических генов». Труды Национальной академии наук. 111 (42): 15078–15083. Bibcode:2014ПНАС..11115078K. Дои:10.1073 / pnas.1318780111. ISSN  0027-8424. ЧВК  4210320. PMID  25288747.
  13. ^ "WikiGenes - Совместная публикация". WikiGenes - Совместная публикация. Получено 2018-05-06.
  14. ^ Сон К. Х., Пак Джи, Ли МО, Со Дж, Ли К., Чой Х.С. (декабрь 2001 г.). "ЛГ индуцирует экспрессию гена орфанного ядерного рецептора Nur77 в тестикулярных клетках Лейдига". Эндокринология. 142 (12): 5116–23. Дои:10.1210 / эндо.142.12.8525. ISSN  0013-7227. PMID  11713204.
  15. ^ Кармона-Мора, Паулина; Видагдо, Джоселин; Томасетиг, Флоренция; Canales, Cesar P .; Ча, Ёджун; Ли, Вэй; Альшаваф, Абдулла; Доттори, Мирелла; Ван, Рене М. (2015-08-15). «Паттерн ядерной локализации и партнеры по взаимодействию GTF2IRD1 демонстрируют роль в регуляции хроматина». Генетика человека. 134 (10): 1099–1115. Дои:10.1007 / s00439-015-1591-0. ISSN  0340-6717. PMID  26275350. S2CID  15601752.
  16. ^ «Ywhae - 14-3-3 белок эпсилон - Mus musculus (Мышь) - ген и белок Ywhae». www.uniprot.org. Получено 2018-05-07.
  17. ^ гео. "Браузер GEO DataSet". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-05-07.