KIAA0825 - KIAA0825

KIAA0825
Идентификаторы
ПсевдонимыKIAA0825, C5orf36, PAPA10
Внешние идентификаторыOMIM: 617266 MGI: 1919621 ГомолоГен: 89234 Генные карты: KIAA0825
Расположение гена (человек)
Хромосома 5 (человек)
Chr.Хромосома 5 (человек)[1]
Хромосома 5 (человек)
Геномное расположение KIAA0825
Геномное расположение KIAA0825
Группа5q15Начинать94,152,966 бп[1]
Конец94,618,597 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

285600

72371

Ансамбль

ENSG00000185261

ENSMUSG00000071252

UniProt

Q8IV33

Q3UPC7

RefSeq (мРНК)

NM_001145678
NM_173665

NM_001081353
NM_001145676
NM_028215

RefSeq (белок)

NP_001139150
NP_775936

NP_001074822
NP_001139148

Расположение (UCSC)Chr 5: 94,15 - 94,62 МбChr 13: 77.14 - 77.61 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

KIAA0825 представляет собой белок, который у человека кодируется одноименным геном, расположенным на хромосоме 5, 5q15. Это возможный фактор риска диабета II типа, связанный с высоким уровнем глюкозы в крови. Это относительно быстро мутирующий ген по сравнению с другими кодирующими генами. Однако существует одна область, которая является высококонсервативной у видов, имеющих ген, известная как DUF4495. Предполагается, что он перемещается между ядром и цитоплазмой.

Общая информация

Изоформы C5orf36

KIAA0825 - это ген, который, по-видимому, является генетическим фактором, повышающим риск Диабет II типа, возможно, за счет повышения уровня глюкозы в крови.[5] Он также был идентифицирован как возможный онкоген.[6] C5orf36 имеет один общий псевдоним KIAA0825. Ген имеет длину около 478 т.п.н. и содержит 22 экзона. Он производит 10 различных вариантов: 9 вариантов с поперечным сращиванием и один вариант без сращивания. Самая длинная экспериментально подтвержденная мРНК имеет длину 7240 п.н. и продуцирует белок длиной 1275 аминокислот.[7] Предполагается, что белок весит около 147,8 кДал. Он имеет ортологи у большинства животных, включая Аплизия калифорнийская, но не встречается снаружи животные за возможным исключением Plasmodiophora brassicae.

Информация о белке

Расчетный вес белка составляет 147,8 кДал.[8][9] Он не содержит известного сигнала ядерной локализации, но содержит сигнал ядерного экспорта.[10] Предполагается, что субклеточная локализация белка - это ядро ​​и цитоплазма.[11] Это предполагает, что белок может перемещаться вперед и назад через ядерную мембрану.

Вторичная структура

Это трехмерное предсказание, созданное I-TASSER. Зеленый цвет указывает на консервативный DUF4495.

Некоторые программы предполагают, что вторичная структура белка - это в основном спирали с несколькими бета-листами.[12][13][14][15] Анализ белкового состава также предполагает, что белок имеет относительно низкий уровень глицина.[16] Это может указывать на довольно жесткую структуру по сравнению с другими белками. Третичную структуру сложнее предсказать из-за размера белка, частично из-за его размера. Показанная трехмерная структура показывает прогноз, сделанный И-ТАССЕР. Это возможная структура с C-балл -1,06 по шкале от -5 до 1 (в которой чем больше число, тем выше достоверность).[17][18][19] Эта предсказанная структура указывает на то, что существует две основные части, и возможно, что они взаимодействуют в зависимости от состояния белка (например, от того, фосфорилирован он или нет).

Выражение

Данные по экспрессии мРНК из Human Protein Atlas, рассчитанные как транскриптов на миллион (TPM).
Это показывает уровни экспрессии C5orf36 в тканях человека. Он предоставлен Атласом белков человека.

МРНК для KIAA0825 экспрессируется с относительно низкими скоростями по сравнению с другими мРНК.[20] Однако белок экспрессируется с относительно высокой скоростью, особенно в частях мозга, а также в надпочечниках и щитовидной железе.[21] Это предполагает, что белок не разрушается легко и остается в клетке в течение длительных периодов времени, так что непрерывная транскрипция ДНК в мРНК не требуется. В настоящее время нет данных, свидетельствующих о том, что существует альтернативная экспрессия разных изоформ в разных тканях.

Регулирование

Анализ промотора дает некоторое представление об экспрессии KIAA0825.[22] Одним из возможных регуляторов является NeuroD1 фактор транскрипции. Этот фактор является важным регулятором гена инсулина, и мутация в этом гене может привести к диабету II типа.[23] Это может объяснить, почему KIAA0825 экспрессируется на более низких уровнях у пациентов с диабетом II типа. Другой возможный фактор транскрипции - это миелоидный фактор цинкового пальца 1, связанный с миелоидным лейкозом, поскольку он задерживает апоптоз клеток в присутствии ретиноевой кислоты.[24] Есть также несколько мест, где могут связываться факторы транскрипции семейства SMAD позвоночных. Считается, что эти факторы транскрипции ответственны за динамику нуклеоцитоплазмы.[25] Это означает, что эти факторы транскрипции SMAD могут влиять на KIAA0825, потому что субклеточная локализация предполагает, что он перемещается через ядерную оболочку.

Функция

Обнаружено, что с KIAA0825 взаимодействуют два белка. Один Один из них - фактор связывания энхансера интерлейкина 3..[26] ILF3 - это фактор, который образует комплекс с другими белками, регулирует экспрессию генов и стабилизирует мРНК.[27] Другой - это Белок-предшественник амилоида-бета.[28] Этот белок является интегральным мембранным белком, который чаще всего встречается в синапсах нейронов. Ни один из этих белков недостаточно изучен, чтобы с уверенностью указать на роль C5orf36 в клетках человека. Однако они предполагают, что KIAA0825 может выполнять множество ролей в разных частях клетки.

Ортология

KIAA0825 ортологи можно найти практически во всех животные, но его нельзя найти в растениях, бактериях или простейших. Он в основном высококонсервативен у позвоночных, особенно у млекопитающих, но гены, которые содержат область, аналогичную области DUF4495, можно найти в Калифорнийский морской заяц, вообще одно из самых простых животных. Размер, особенно у млекопитающих, хорошо сохраняется и составляет от 1250 до 1300 аминокислот. Это говорит о том, что белок обволакивает себя, образуя важные для его функции структуры.

Не было паралоги обнаружен гена KIAA0825 у человека или у любого другого вида.

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000185261 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000071252 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Ли Дж, Вэй Дж, Сюй П, Ян М., Ли Дж, Чен З, Джин Т. (декабрь 2016 г.). «Влияние полиморфизма генов, связанных с диабетом, на клинические характеристики диабета 2 типа китайской ханьской популяции». Oncotarget. 7 (51): 85464–85471. Дои:10.18632 / oncotarget.13399. ЧВК  5356749. PMID  27863428.
  6. ^ Дельгадо А.П., Брандао П., Чападо М.Дж., Хамид С., Нараянан Р. (июль – август 2014 г.). «Открытые рамки считывания, связанные с раком в темной материи генома человека». Геномика и протеомика рака. 11 (4): 201–13. PMID  25048349.
  7. ^ Координаторы ресурсов NCBI (январь 2017 г.). "Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации". Исследования нуклеиновых кислот. 45 (D1): D12 – D17. Дои:10.1093 / нар / gkw1071. ЧВК  5210554. PMID  27899561.
  8. ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК  48584. PMID  1549558.
  9. ^ Брендель В. "SDSC Biology Workbench". workbench.sdsc.edu. Департамент математики Стэнфордского университета, Калифорния. Получено 17 апреля 2017.
  10. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (июнь 2004 г.). «Анализ и прогнозирование сигналов ядерного экспорта, богатого лейцином». Белковая инженерия, дизайн и выбор. 17 (6): 527–36. Дои:10.1093 / белок / gzh062. PMID  15314210.
  11. ^ Накаи К., Хортон П. (январь 1999 г.). «PSORT: программа для обнаружения сигналов сортировки в белках и прогнозирования их субклеточной локализации». Тенденции в биохимических науках. 24 (1): 34–6. Дои:10.1016 / с0968-0004 (98) 01336-х. PMID  10087920.
  12. ^ Бигелоу Х.Р., Петри Д.С., Лю Дж., Пшибыльски Д., Рост Б. (28 апреля 2004 г.). «Прогнозирование трансмембранных бета-баррелей в протеомах». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (8): 2566–77. Дои:10.1093 / нар / гх580. ЧВК  419468. PMID  15141026.
  13. ^ Рост Б., Ячдав Г., Лю Дж. (Июль 2004 г.). «Сервер PredictProtein». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Проблема с веб-сервером): W321–6. Дои:10.1093 / нар / гх377. ЧВК  441515. PMID  15215403.
  14. ^ Гарнье Дж., Осгуторп Диджей, Робсон Б. (март 1978). «Анализ точности и последствий простых методов для предсказания вторичной структуры глобулярных белков». Журнал молекулярной биологии. 120 (1): 97–120. Дои:10.1016/0022-2836(78)90297-8. PMID  642007.
  15. ^ Берджесс А. В., Поннусвами П. К., Шерага Н. А. (1974). «Анализ конформации аминокислотных остатков и прогноз топографии позвоночника в белках». Израильский химический журнал. 12 (1–2): 239–286. Дои:10.1002 / ijch.197400022.
  16. ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК  48584. PMID  1549558.
  17. ^ Чжан И (январь 2008 г.). «Сервер I-TASSER для предсказания трехмерной структуры белков». BMC Bioinformatics. 9 (1): 40. Дои:10.1186/1471-2105-9-40. ЧВК  2245901. PMID  18215316.
  18. ^ Рой А., Кучукурал А., Чжан И. (апрель 2010 г.). «I-TASSER: единая платформа для автоматизированного прогнозирования структуры и функции белков». Протоколы природы. 5 (4): 725–38. Дои:10.1038 / nprot.2010.5. ЧВК  2849174. PMID  20360767.
  19. ^ Ян Дж., Ян Р., Рой А., Сюй Д., Пуассон Дж., Чжан И. (январь 2015 г.). «I-TASSER Suite: предсказание структуры и функции белков». Методы природы. 12 (1): 7–8. Дои:10.1038 / nmeth.3213. ЧВК  4428668. PMID  25549265.
  20. ^ Улен М., Фагерберг Л., Халльстрём Б.М., Линдског С., Оксволд П., Мардиноглу А. и др. (Январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Наука. 347 (6220): 1260419. Дои:10.1126 / science.1260419. PMID  25613900. S2CID  802377.
  21. ^ Улен М., Фагерберг Л., Халльстрём Б.М., Линдског С., Оксволд П., Мардиноглу А. и др. (Январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Наука. 347 (6220): 1260419. Дои:10.1126 / science.1260419. PMID  25613900. S2CID  802377.
  22. ^ «Геноматикс». Геноматикс. Получено 7 мая 2017.
  23. ^ Прантера Г., Пимпинелли С., Рокки А. (1 января 1999 г.). «Влияние дистамицина А на лейкоциты человека in vitro». Цитогенетика и клеточная генетика. 23 (1–2): 103–7. Дои:10.1128 / MCB.19.1.704. PMID  83927.
  24. ^ Робертсон К.А., Хилл Д.П., Келли М.Р., Тритт Р., Крам Б., Ван Эппс С., Сроур Е., Райс С., Хромас Р. (май 1998 г.). «Ген миелоидного цинкового пальца (MZF-1) задерживает апоптоз и дифференцировку клеток миелоидной лейкемии, вызванные ретиноевой кислотой». Лейкемия. 12 (5): 690–8. Дои:10.1038 / sj.leu.2401005. PMID  9593266.
  25. ^ Массаге Дж., Сеоан Дж., Уоттон Д. (декабрь 2005 г.). "Smad факторы транскрипции". Гены и развитие. 19 (23): 2783–810. Дои:10.1101 / gad.1350705. PMID  16322555.
  26. ^ Chu L, Su MY, Maggi LB, Lu L, Mullins C, Crosby S, Huang G, Chng WJ, Vij R, Tomasson MH (август 2012 г.). «Хромосомная транслокация, связанная с множественной миеломой, активирует орфанную snoRNA ACA11 для подавления окислительного стресса». Журнал клинических исследований. 122 (8): 2793–806. Дои:10.1172 / JCI63051. ЧВК  3408744. PMID  22751105.
  27. ^ Chaumet A, Castella S, Gasmi L, Fradin A, Clodic G, Bolbach G, Poulhe R, Denoulet P, Larcher JC (июнь 2013 г.). «Протеомный анализ интерлейкина-усилителя связывания фактора 3 (Ilf3) и ядерного фактора 90 (NF90) во взаимодействии». Биохимия. 95 (6): 1146–57. Дои:10.1016 / j.biochi.2013.01.004. PMID  23321469.
  28. ^ Oláh J, Vincze O, Virók D, Simon D, Bozsó Z, Tõkési N, et al. (Сентябрь 2011 г.). «Взаимодействие патологических характерных белков: белок / p25, способствующий полимеризации тубулина, бета-амилоид и альфа-синуклеин». Журнал биологической химии. 286 (39): 34088–100. Дои:10.1074 / jbc.M111.243907. ЧВК  3190826. PMID  21832049.