LRRC24 - Википедия - LRRC24

LRRC24
Идентификаторы
ПсевдонимыLRRC24, LRRC14OS, богатый лейцином повтор, содержащий 24
Внешние идентификаторыMGI: 3605040 ГомолоГен: 86785 Генные карты: LRRC24
Расположение гена (человек)
Хромосома 8 (человек)
Chr.Хромосома 8 (человек)[1]
Хромосома 8 (человек)
Геномное расположение LRRC24
Геномное расположение LRRC24
Группа8q24.3Начинать144,522,388 бп[1]
Конец144,527,033 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

441381

378937

Ансамбль

ENSG00000254402

ENSMUSG00000033707

UniProt

Q50LG9

Q8BHA1

RefSeq (мРНК)

NM_001024678

NM_198119

RefSeq (белок)

NP_001019849

NP_932787

Расположение (UCSC)Chr 8: 144,52 - 144,53 МбChr 15: 76,72 - 76,72 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Богатый лейцином повтор, содержащий 24 представляет собой белок, который в организме человека кодируется LRRC24 ген.[5] Белок представлен официальным символом LRRC24, также известный как LRRC14OS.[6] Функция LRRC24 в настоящее время неизвестна. Он является членом богатый лейцином повтор (LRR) суперсемейство белков.

Ген

В людях, LRRC24 расположен на Хромосома 8 (8q24.3). Ген занимает приблизительно 4,66 т.п.н. на противоположной цепи.[5] LRRC24 состоит из пяти экзонов, и только один изоформа гена был идентифицирован.[5]

GeneCards Genomic View для гена LRRC24[6]

Протеин

Общие особенности

LRRC24 - трансмембранный белок неизвестной функции. Человеческий LRRC24 состоит из 513 аминокислот, включая сигнальный пептид из 23 аминокислот.[5][7] Зрелая форма белка имеет молекулярную массу 52,9 кДа.[8] Изоэлектрическая точка зрелого человеческого белка составляет 7,98[9] Белок в основном состоит из альфа-спиралей.[10]

Домены

LRRC24 - однопроходный трансмембранный белок. Белок состоит из шести богатые лейцином повторы и иммуноглобулиноподобный домен.[5][11]

ОсобенностьДолжность (я)Описание
Сигнальный пептид1-23[12]
Домен24-50N-концевой домен с высоким содержанием лейцина (LRRNT)[13][14]
Повторение51-72Богатый лейцином повтор 1 (LRR 1)[13][14]
Повторение75-96LRR 2[13][14]
Повторение99-120LRR 3[13][14]
Повторение123-144LRR 4[13][14]
Повторение147-168LRR 5[13][14]
Повторение171-192LRR 6[13][14]
Домен204-257С-концевой домен с высоким содержанием лейцина (LRRCT)[13][14]
Домен259-364Иммуноглобулин-подобный домен (Ig-подобный)[13][14]
Домен406-426Трансмембранный домен (TMEM)[15]
Мотив427-436Мотив, богатый аргинином (ARM)[13]
Схема LRRC24. Домены помечены как предсказанные;[16] серые маркеры представляют подтвержденные N-связанные гликозилированные остатки аргинина (N334 и N363); красный маркер представляет подтвержденный морфорилированный тирозин (Y509); Рисунок, созданный с помощью Prosite MyDomains-Image Creator[17]

Локализация

LRRC24 представляет собой секретируемый белок, о чем свидетельствует наличие сигнального пептида. Структура белка предполагает, что он локализуется в клеточная мембрана.

Гомология

LRRC24 сохраняется в Эвтелеостомия за исключением Авес.[5][18] Кроме того, на основании анализа гомологии последовательностей отдаленные ортологи LRRC24 также консервативны у беспозвоночных типов. Моллюска и Членистоногие.[5] Нет человека паралоги из LRRC24 были идентифицированы.

Некорневое филогенетическое дерево ортологов LRRC24, созданное с помощью Phylip’s DrawTree[16] и ClustalW.[9][19]

Выражение

Микрочип и гибридизация in situ эксперименты предполагают, что LRRC24 преимущественно экспрессируется в головном мозге.[20][21][22] Экспрессия особенно высока в пределах средний мозг, неокортекс, и ткани лимбическая система, в том числе гипоталамус и образование гиппокампа.[20][22][23]

Взаимодействия

Белковые взаимодействия LRRC24 вовлекают белок в передачу сигналов клеток, миграцию клеток и управление аксонами. ROBO2 было обнаружено, что он взаимодействует с LRRC24.[24][25] ROBO2 является членом Семейство карусельных генов, которые, как известно, играют важную роль в развитии нервной системы. Кроме того, было обнаружено, что LRRC24 взаимодействует с LRRTM4, белком, который, как полагают, участвует в синаптогенез, а также поддержание нервной системы позвоночных.[25]

Также было обнаружено, что LRRC24 взаимодействует с IGFBP7, известный регулятор инсулиноподобные факторы роста (IGF).[25] IGFBP7 также участвует в стимуляции клеточной адгезии.

Клиническое значение

На сегодняшний день ни одно исследование не затронуло LRRC24 или LRRC24 ген с любым клинически значимым случаем.[26]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000254402 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033707 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c d е ж грамм «Богатый лейцином повтор LRRC24, содержащий 24 [Homo sapiens (человек)] - ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-02-29.
  6. ^ а б «Генная карта». www.genecards.org. Получено 2016-05-09.
  7. ^ «Ген LRRC24 (кодирование белка)». genecards.com. Получено 22 февраля, 2016.
  8. ^ Брендель В., Бухер П., Нурбахш И. Р., Блейсделл Б. Е., Карлин С. (март 1992 г.). «Методы и алгоритмы статистического анализа белковых последовательностей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992PNAS ... 89.2002B. Дои:10.1073 / пнас.89.6.2002. ЧВК  48584. PMID  1549558.
  9. ^ а б Козловский Л.П. (октябрь 2016 г.). «IPC - Калькулятор изоэлектрической точки». Биология Директ. 11 (1): 55. Дои:10.1186 / s13062-016-0159-9. ЧВК  5075173. PMID  27769290. Архивировано из оригинал на 2013-04-29. Получено 2016-05-09.
  10. ^ Borrelli KW, Vitalis A, Alcantara R, Guallar V (ноябрь 2005 г.). "PELE: Исследование ландшафта белковой энергии. Новый метод, основанный на Монте-Карло". Журнал химической теории и вычислений. 1 (6): 1304–11. Дои:10.1021 / ct0501811. PMID  26631674.
  11. ^ «LRRC24 - Предшественник белка 24, содержащий богатые лейцином повторы - Homo sapiens (Human) - ген и белок LRRC24». www.uniprot.org. Получено 2016-02-29.
  12. ^ Петерсен Т.Н., Брунак С, von Heijne G, Нильсен Х (сентябрь 2011 г.). «SignalP 4.0: различение сигнальных пептидов из трансмембранных областей». Методы природы. 8 (10): 785–6. Дои:10.1038 / nmeth.1701. PMID  21959131. S2CID  16509924.
  13. ^ а б c d е ж грамм час я j «LRRC24 - Предшественник белка 24, содержащий богатые лейцином повторы - Homo sapiens (Human) - ген и белок LRRC24». www.uniprot.org. Получено 2016-05-09.
  14. ^ а б c d е ж грамм час я «Поиск сохраненного домена NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  15. ^ Крог А, Ларссон Б, von Heijne G, Sonnhammer EL (январь 2001 г.). «Прогнозирование топологии трансмембранного белка со скрытой марковской моделью: приложение для полных геномов». Журнал молекулярной биологии. 305 (3): 567–80. Дои:10.1006 / jmbi.2000.4315. PMID  11152613.
  16. ^ а б «Богатый лейцином повтор LRRC24, содержащий 24 [Homo sapiens (человек)] - ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  17. ^ SIB Швейцарский институт биоинформатики. "Prosite MyDomains - Image Creator".
  18. ^ "HomoloGene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  19. ^ Томпсон Дж. Д., Хиггинс Д. Г., Гибсон Т. Дж. (Ноябрь 1994 г.). «CLUSTAL W: повышение чувствительности прогрессивного множественного выравнивания последовательностей за счет взвешивания последовательностей, штрафов за пропуски в зависимости от позиции и выбора весовой матрицы». Исследования нуклеиновых кислот. 22 (22): 4673–80. Дои:10.1093 / nar / 22.22.4673. ЧВК  308517. PMID  7984417.
  20. ^ а б "GDS868 / GATCCATTGCTGAGCTTGCG". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  21. ^ "GDS3142 / 1433876_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  22. ^ а б "GDS3917 / 1433876_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.
  23. ^ "Детали эксперимента :: Атлас мозга Аллена: Мозг мыши". mouse.brain-map.org. Получено 2016-05-09.
  24. ^ Гилсон Э, Фольк Т (01.01.2010). «Тонкая настройка клеточного распознавания: функция трансмембранного белка, богатого лейцином повторов (LRR), LRT, в нацеливании мышц на клетки сухожилий». Адгезия и миграция клеток. 4 (3): 368–71. Дои:10.4161 / cam.4.3.11606. ЧВК  2958611. PMID  20404543.
  25. ^ а б c Зёлльнер К., Райт Г.Дж. (01.01.2009). «Сеть взаимодействия на клеточной поверхности нейральных рецепторов повторов, богатых лейцином». Геномная биология. 10 (9): R99. Дои:10.1186 / gb-2009-10-9-r99. ЧВК  2768988. PMID  19765300.
  26. ^ [email protected]. «Главная - dbVar - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2016-05-09.