Рибопереключатель SAM – SAH - Википедия - SAM–SAH riboswitch
| Рибопереключатель SAM / SAH | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура рибопереключателей SAM – SAH | |
| Идентификаторы | |
| Символ | Рибопереключатель SAM / SAH |
| Рфам | RF01727 |
| Прочие данные | |
| РНК тип | Riboswitch |
| Домен (ы) | Rhodobacterales |
| PDB структуры | PDBe |
В Рибопереключатель SAM – SAH является консервативной структурой РНК в определенных бактерии это связывает S-аденозилметионин (SAM) и S-аденозилгомоцистеин (SAH) и поэтому считается рибопереключатель.[1] Рибопереключатели SAM – SAH не имеют очевидного структурного сходства с известными рибопереключателями, которые связывают SAM или SAH. Аффинности связывания для обоих соединений схожи, но связывание SAH по крайней мере несколько сильнее. Рибопереключатели SAM – SAH встречаются исключительно в Rhodobacterales, порядок из альфапротеобактерии. Они всегда находятся в очевидном 5 'непереведенные регионы из metK гены, кодирующие фермент (Метионин аденозилтрансфераза ), который синтезирует SAM.
Учитывая эту ассоциацию генов, было высказано предположение, что рибопереключатели SAM-SAH более вероятно функционируют как SAM-sensing RNAs. Рибопереключатели SAM – SAH относительно малы среди известных рибопереключателей, что может быть связано с их неспособностью различать SAH. Однако способность отвергать SAH в качестве лиганда может не иметь значения в физиологических условиях, потому что клеточная концентрация SAM выше.[2]
Область консервативной структуры рибопереключателей SAM – SAH включает предсказанный Последовательность Шайна-Далгарно (рибосома -связывающий сайт) нижестоящего metK гены. Эти нуклеотиды необходимы для оптимального связывания с лигандом и могут образовывать псевдоузел с концевой петлей в основной стебель-петля структура. Окклюзия последовательности Shine-Dalgarno может быть механизмом, с помощью которого рибопереключатели SAM-SAH регулируют экспрессию нижележащих генов.
Смотрите также
- Рибопереключатель SAM-I
- Рибопереключатель SAM-II
- Рибопереключатель SAM-III
- Рибопереключатель SAM-IV
- Рибопереключатель SAM-V
- Рибопереключатель SAM-VI
Рекомендации
- ^ Вайнберг З., Ван Дж. Х, Бог Дж. И др. (Март 2010 г.). «Сравнительная геномика обнаруживает 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геном Биол. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК 2864571. PMID 20230605.
- ^ Ueland PM (сентябрь 1982 г.). «Фармакологические и биохимические аспекты S-аденозилгомоцистеина и S-аденозилгомоцистеин гидролазы». Pharmacol. Rev. 34 (3): 223–253. PMID 6760211.